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人们为了纪念道尔顿，以他的名字作为原子质量单位。在生物化学、分子生物学，蛋白组学以及遗传学中经常用D或KD，蛋白质是大分子，所以常用千道尔顿来表示。对分子来说，一个分子的质量，用道尔顿单位表示时，其值相当于分子量。道尔顿，是分子量常用单位，就是将分子中所有原子按个数求原子量的代数和。
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