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种脐是种子成熟后从果实上脱落后留下的痕迹，实际上是与果实连接的位置，是植物的养料运输储藏到种子中的通道。形状有圆形、椭圆形、卵形等。伞形科和大多十字花科植物的种脐位于种子先端，豆科的种脐位于侧面，菊科、胡桃科、蓼科的种脐在种子基部。
种脐的颜色也有深浅之分，黄大豆的脐色有黄、淡褐、褐、深褐、蓝、黑六种，青豆的脐色有淡褐、褐、深褐、黑色。脐也有大小之分。农民往往用脐色和脐大小命名品种，如大黑脐、小白脐等等。
子叶色有黄色和绿色两种，黄种皮大豆的子叶都是黄色，青豆、黑豆和褐豆的子叶有黄色和绿色两种，黄色居多。大豆的粒色、脐色和子叶色表现出丰富的多样性。
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