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细菌可根据形状分为三类，即:球菌、杆菌和螺形菌(包括弧菌、螺菌、螺杆菌)。
按细菌的生活方式来分类，分为两大类:自养菌和异养菌，其中异养菌包括腐生菌和寄生菌。
按细菌对氧气的需求来分类，可分为需氧(完全需氧和微需氧)和厌氧(不完全厌氧、有氧耐受和完全厌氧)细菌。
按细菌生存温度分类，可分为喜冷、常温和喜高温三类。
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