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两国酱油的发酵工艺是不一样的，中国是用曲发酵，日本是用霉菌发酵。因为日本的特殊气候和在江户时代的人工选择性的培养，黄曲霉失去了合成黄曲霉毒素的相关基因片段，同时细胞核增加到了10个，突变成了新的霉菌，一个细胞核丧失活性还有其他细胞核代替，这代表发酵程度快了几十倍甚至上百倍，保鲜程度也高了不少，但因为这种霉不耐高温所以日本酱油和味噌不能久煮。
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