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内切，就是核酸酶从核苷酸链如DNA链中间切开，这样的核酸酶就是内切核酸酶，外切作用于核酸链的两端，就是核酸酶从与核酸链相互作用，如在DNA复制过程中，从DNA聚合酶添加dNTP的一段切去几个或者一小段核苷酸，这样的酶就叫外切核酸酶，有5‘到3’和3‘到5’两个方向的外切核酸酶两种，在DNA修复过程中，一般都是先内切核酸梅作用，断裂附近含有损伤的碱基序列，再是外切核算酶作用切除一小段含有损伤的核苷酸序列。
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