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核酸酶是在核酸分解的第一步中，作用于水解核苷酸之间的磷酸二酯键的一种蛋白质；根据核酸酶作用的位置不同，又可将核酸酶分为核酸外切酶和核酸内切酶；有些核酸酶能从DNA或RNA链的一端逐个水解下单核苷酸，所以称为核酸外切酶；只作用于DNA的核酸外切酶称为脱氧核糖核酸外切酶，只作用于RNA的核酸外切酶称为核糖核酸外切酶；也有一些核酸外切酶可以作用于DNA或RNA；核酸内切酶催化水解多核苷酸内部的磷酸二酯键。
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